Nació en Ferrara el 21 de septiembre de 1452. Fue el tercero de los siete hijos del comerciante Nicoló di Michele dalla Savonarola y de Elena Bonacolsi, descendiente de la noble familia de los Bonacolsi, que fueron señores feudales de Mantova. Según costumbre de las familias acomodadas, éstos entregaron a varios de sus hijos a la iglesia para que se educaran y fueran sacerdotes. El abuelo, Michele (1385 - 1468), era doctor y autor famoso en medicina, médico del marqués Niccolò III de Este y de los gobernantes ferrarenses. Michele Savonarola, su abuelo, era un hombre profundamente religioso, estudioso de la biblia, de costumbres sencillas y terminantes. En su vejez escribió folletos como el De laudibus Iohanni Baptistae, los cuales, junto con su educación y su estilo de vida, fueron muy importantes en la formación de Girolamo. Se encargó de su primera educación enseñándole gramática, música y, más tarde, dibujo. De los hermanos mayores, Ognibene y Bartolomeo, no se tienen noticias, mientras que de los otros hermanos, Maurelio, Alberto, Beatrice y Chiara, se sabe solamente que Alberto era doctor y Maurelio era fraile dominico, igual que Girolamo.Después de la muerte del abuelo, el padre Niccoló deseaba que estudie medicina. En un principio, Girolamo se mostró apasionado por los diálogos escritos por Platón, pero pronto se orientó hacia las enseñanzas de aristotelismo y Santo Tomás.Después de haber alcanzado el título de maestro, empezó los estudios de medicina que, sin embargo, abandonó a los dieciocho años para dedicarse a la teología, el estudio de las doctrinas católicas. Escribió, en 1472, De ruina Mundi, y en 1475, De ruina Ecclesiae, donde compara la Roma del Papa con la antigua y corrupta Babilonia. Con este espíritu ingresó en el convento de San Agustín en Faenza, donde se convirtió en predicador. Posteriormente decidió entrar en la orden dominica, ingresando en el convento de San Domenico de Bolonia. Allí se enfrasca en el estudio teológico, y en 1479 se traslada al convento de Santa Maria degli Angeli. Escribió discursos en los que acusó a la iglesia de todos los pecados. Los papas humanistas, que ayudaban y mantenían a los artistas, eran su blanco preferido. Sus fieles siguieron con devoción sus llamadas a la vida sencilla. Las misas de Girolamo Savonarola llegaron a juntar 15.000 personas. Decía que todos los males de este mundo se debían a la falta de fe; porque, cualquiera que tenga fe, se dará cuenta de inmediato que es muy necesario obrar bien, porque las penas del infierno son infinitas. Según Savonarola, los poderosos de este mundo se sentían orgullosos de haber puesto fin a la vida sencilla de los siglos anteriores. Según él, los sacerdotes de esos tiempos son los peores, por que hacen todo al revés de como deberían hacerlo; a ellos sólo les interesa los bienes de este mundo, ya no cuidan las almas ni les inquietan los corazones de su pueblo, si no que sólo se preocupan de obtener beneficios.Finalmente, en 1482, la orden dominica lo envió a Florencia. En sus discursos hablaba sobre la pobreza y sobre la sobriedad y el carácter fuerte que los verdaderos creyentes deben tener. Su forma de hablar violenta, y sus críticas excesivas acabaron por desesperar al pueblo, por lo que debió dejar Florencia en 1487. Regresó a Bolonia, donde se convierte en maestro de estudios. En su vida en el convento se distinguió por sus riguroros ayunos y penitencias, incluyendo el maltrato que se daba con el cilicio y practicando una absoluta frugalidad, comiendo y bebiendo muy poco.Volvió a Florencia al Convento de San Marco, que abandonó para volver a Ferrara. En el convento de Santa Maria degli Angeli se dedicó con especial énfasis a la predicación después de haber estudiado técnicas para hacer discursos públicos.En 1491, a la edad de 34 años, se le entregó la titularidad de la iglesia de San Marco en Florencia. Desde allí atacó al Papa Inocencio VIII como "el más vergonzozo de toda la historia, con el mayor número de pecados, reencarnación del mismísimo diablo."Sus ardientes predicaciones, llenas de avisos proféticos, no eran extrañas en la época, pero sus profecías parecían cumplirse con los desastres que estaba viviendo la ciudad de Florencia en esos años, como por ejemplo la derrota contra los franceses, o el excesivo lujo de los ricos, que vivían rodeados de obras de arte, frente a miles de personas que vivían en la pobreza. En estas condiciones, la población se acercaba a Savonarola porque denunciaba todo esto. Otro desastre fue la epidemia de la sífilis. Muchos llegaron a creer que Savonarola era el profeta de los "últimos tiempos."La iglesia de San Marcos donde predicaba Savonarola fue conocida por su fanatismo. Savonarola no era un teólogo. Él no proclamaba doctrinas. En su lugar, predicaba su idea de la vida cristiana. Afirmaba que un alma intachable era preferible a cualquier acto lujoso o ceremonia excesiva. Con sus críticas no intenta hacer la guerra contra la Iglesia de Roma sino que desea corregir sus pecados. Lorenzo de Médici, que gobernaba Florencia y mantenía con su dinero y sus negocios a Miguel Ángel, también conocía a Savonarola. Se dice que Lorenzo llamó a Savonarola en su lecho de muerte en 1492 y Savonarola lo maldijo, haciendo que Lorenzo terminase sus días, hasta el último suspiro, temiéndole al infierno. Finalmente, Lorenzo y su hijo Piero de Médici se convirtieron en uno de los blancos de las predicaciones de Savonarola.El rey francés Carlos VIII quiso hacer valer su derecho a gobernar Nápoles, por lo que decidió entrar en Italia con su ejército y pasar por Florencia. Savonarola entonces lo consideró un enviado de los cielos para poner orden en el clero, que él consideraba impuro. El 8 de noviembre de 1494, en la Florencia invadida por el rey francés, estalló una sonada rebelión. La familia gobernante de los Médici fueron acusados y expulsados. Savonarola, tras la expulsión de los Médici, surge como líder de la ciudad. Girolamo comienza entonces a gobernar la República Democrática de Florencia, de carácter fuertemente religioso. Como ahora estaba en el poder, se pone a perseguir ferozmente a los homosexuales, las bebidas alcohólicas, el juego, la ropa indecente, los cosméticos. Savonarola ordenó a la policía que buscara por la ciudad cualquier cosa que permitiera la vanidad o el pecado. Tablas de juego, libros donde se trataban temas sexuales, peinetas, espejos, perfumes, ropa indecente... son retirados por la policía y echados al fuego purificador, la llamada "hoguera de las vanidades", un inmenso fuego que ardía en la plaza principal de la ciudad. También se quemaron cuadros y obras maestras del Renacimiento, libros de Petrarca y Bocaccio, libros de los antiguos escritores de la civilización romana y griega de incalculable valor, por ser considerados inmorales. La violencia dirigida por Savonarola se extendió por toda la República de Florencia, en un intento por obligar a los ciudadanos a que retornen a sus costumbres sencillas.En estas condiciones, se formó un grupo contrario al gobierno de Savonarola, llamados los arrabbiati o los enojados, que son derrotados en las calles por los seguidores de Girolamo. Los franciscanos fueron los mayores opositores a Savonarola, pues con sus predicaciones en la Iglesia de los dominicos, la iglesia franciscana de la Santa Cruz de Florencia, pierde adeptos y se queda vacía; el monje Francesco de la Curia se conviertió en la punta de lanza de los críticos de Savonarola.En esta época, sus ataques contra la familia española del Papa, la familia Borgia, se vuelven todavía más fuertes, enemistándose definitivamente con el Duque de Milán y el papa Alejandro VI.Savonarola atacó a los Borgia acusándoles de pecadores. Su feroz ataque se centró en Rodrigo Borgia, que poco después llegó a ser Papa con el nombre de Alejandro VI. Savonarola atacó a los amigos de ese Papa, acusándolos de pecadores, incestuosos y mentirosos. Alejandro VI pidió a Savonarola que cambiara su actitud, primero intentando sobornarlo ofreciéndole el puesto de cardenal. El monje no aceptó, e incluso llegó a cuestionar la autoridad del papa.Irritado ante tantas críticas, el papa Alejandro VI amenazó a todos los habitantes de Florencia con la pena de entredicho, que significaba prohibir los sacramentos para todos los ciudadanos, e impedir que los muertos se entierren en cementerios bendecidos, como era costumbre en esos años. Estas amenazas provocaron el terror entre el pueblo de Florencia.El 13 de mayo de 1497 Savonarola fue expulsado de la Iglesia. En 1498 el papa ordenó su arresto y ejecución. El 7 de abril de 1498 falleció Carlos VIII, el rey de Francia, quien había sido hasta entonces defensor de Savonarola. El 8 de abril de 1498, una parte del ejército del papa entra en Florencia. La ciudad no opone resistencia, y los ciudadanos se muestran dispuestos a detener al monje. Éste se esconde junto con sus seguidores en el convento de San Marcos. Mueren muchos de los que intentan protegerlo. Savonarola y los suyos acaban siendo derrotados, incluyendo a sus dos amigos Fray Domenico de Pescia y Fray Silvestro. Poco después, Savonarola, acusado de hereje, rebelión y errores religiosos, fue conducido a la prisión de Florencia. Durante cuarenta y dos días se le tortura a él y a sus amigos. Después de este tiempo Savonarola firma su arrepentimiento con el brazo derecho, brazo que los torturadores habían dejado intacto para que pudiese hacerlo. La confesión fue firmada antes del 8 de mayo de 1498. Después, se arrepientió de haber firmado esa confesión que le entregaron los torturadores, ruega a Dios para que tenga misericordia con él por su debilidad física en la confesión de los crímenes que en realidad creía no haber cometido. En el día de su ejecución, el 23 de mayo de 1498, todavía trabajaba en otra meditación, llamada Obsedit me que significa "Obsesionado conmigo".El día fijado para su ejecución lo llevaron hasta la Plaza della Signoria junto con sus fieles seguidores, Fray Silvestro de Pescia y Fray Domenico. A los tres les quitaron la ropa, los trataron como herejes y los entregaron a la policía. Los tres fueron colgados con cadenas de una sola cruz. Un fuego enorme fue encendido bajo sus cuerpos. Así pues, fueron ejecutados en el mismo lugar donde había ardido la "Hoguera de las Vanidades," sino también muchos de los que el mismo Savonarola ordenara matar. Jacopo Nardi, que registró el incidente escribiendo en su Istorie della città di Firenze, dice que la persona que prendió el fuego para quemar a Savonarola gritó al encender la llama:El que más quemó es ahora él mismo pasto de las llamas. Otro que estaba presente, cuenta en su diario que el fraile tardó en quemarse varias horas. Los restos eran sacados y devueltos a la hoguera repetidamente, a fin de que los savonarolistas no los trataran como reliquias. Sólo cenizas quedaron al final, que por último serían arrojadas al río Arno, al lado del Ponte Vecchio.Niccolò Maquiavelo, autor de El Príncipe, también atestiguó y escribió sobre la ejecución. El gobierno de Florencia fue posteriormente recuperado por la familia Médici.
